Das neue Königreich war alles andere als eine gefestigte Einheit. Regiert werden konnte im Prinzip nur der Südosten - die Lowlands -, da dieser Landesteil schon früh nach dem anglo-normannischen Lehnswesen organisiert war. In den Highlands hingegen hielten sich die patriarchalen Clanstrukturen keltischen Ursprungs. Wegen der fortdauernden blutigen Überfälle der Wikinger und der Auseinandersetzungen mit den Hochlandclans konnten die schottischen Herrscher nur mit Mühe ihre Unabhängigkeit gegenüber den englischen Nachbarn aufrechterhalten. Duncan I., Enkel und Nachfolger des Reichsgründers Malcolm II., unterlag 1040 in einer Schlacht seinem Cousin MacBeth. Der berüchtigte MacBeth (geb. etwa 1005) hatte auf Grund seiner Herkunft seinerzeit einen ebenso berechtigten Thronanspruch wie Duncan. MacBeth regierte Schottland über 17 Jahre (1040-57) sehr erfolgreich und verstärkte seine Position noch durch seine Ehe mit Gruoch, der Enkelin Kenneth III. Ihr Sohn Lulach aus erster Ehe übernahm 1057, wenn auch nur für ein Jahr, den schottischen Thron. 1054 wurde MacBeth dann nicht weit von Scone durch Duncans Sohn Malcolm geschlagen.

In einer anderen Schlacht wurde er 1057 bei Lumphanan (Nähe Aberdeen) - getötet. Nach seinem Tod bestieg sein Gegner Malcolm III. Canmore (1058-93) den schottischen Thron. Er gründete zwölf Jahre später mit seiner Frau Margaret eine der wichtigsten Dynastien in der mittelalterlichen Geschichte des Landes. Margaret war eine Schwester des legitimen sächsischen Thronfolgers von England (Harald?). Auf der Flucht vor dem normannischen Eroberer William war sie 1066 zusammen mit ihrem Bruder in Schottland gelandet. Mit ihren acht Kindern leitete diese Familie eine grundlegende Wende in der schottischen Geschichte ein. Margarets Einfluss führte zu einer starken Normannisierung Schottlands. Handel, Handwerk und die Künste erhielten bedeutende Impulse und im kulturellen und vor allem religiösen Bereich änderte sich viel. Nicht länger war die keltische Kirche des Heiligen Columba (Culdees) tonangebend - ihren Platz nahm fortan die römische Kirche ein. Malcolm und sein ältester Sohn wurden 1093 in einer Schlacht gegen die Engländer bei Alnwick getötet. Auf Schottlands Thron folgten nach einigen Wirren und der Intervention des englischen Königs in den darauf folgenden 30 Jahren die Söhne Edmund, Edgar, Alexander und David. Das aufblühende England, zusammengeschweißt aus keltischen Urvolk, Angeln-Sachsen und Normannen betrachte sich zunehmend überlegen und den Völkern jenseits seiner Grenzen übergeordnet.

So gewann England durch geschickt arrangierte Ehen mit dem schottischen Königshaus immer mehr Einfluss auf das Land im Norden der Insel. Alexander I. heiratete beispielsweise eine illegitime Tochter von Henry I. von England, und David heiratete Mathilda, die Tochter des Grafen von Northumbrien. Schottland erlebte unter David I. (1124-53), dem jüngsten Sohn Malcolm III., eine relativ friedliche Periode. Vielen Städten, die damals entstanden, wurde eine Königliche Charta verliehen oder sie wurden sogar zu Freien Städten erhoben. David setzt das Reformwerk seiner frommen Mutter Margaret, die später hauptsächlich für die Einführung der römischen Kirche in Schottland heilig gesprochen wurde, konsequent und erfolgreich fort. Er gliederte das Land neu in Diözesen und Pfarreien (weltliche und geistliche Aufteilung waren identisch). David war einer der eifrigsten Klostergründer in der Geschichte Schottlands. Das hatte vor allem einen praktischen Hintergrund: Klöster waren damals die einzigen Bildungseinrichtungen. Sie beschäftigten Klerus und Verwaltungsfachleute und waren Keimzellen landwirtschaftlicher Neuerungen. Durch seine Verwandtschaft mit dem englischen Königshaus war David I. einer der größten Landbesitzer im damaligen England, so daß er kräftig in der englischen Politik mitmischen konnte.

Im englischen Thronfolgestreit nahm er beispielsweise 1138 Partei für seine Schwester, indem er in England einfach einmarschierte - die Entscheidungsschlacht in der Nähe von York verlor er allerdings. Sie ging in die britische Geschichte als die Schlacht der Standarten (1138) ein. 1157 mußte Davids Enkel, Malcolm IV. "The Maiden" (1153-1165), Northumbrien an Henry II., abtreten. Malcolm war politisch schwach und ineffizient, und so war es kein Wunder, daß sich die schottischen Fürsten und Chiefs im Hochland gegen den König auflehnten. Im Tiefland bevorzugten die normannischen Adligen einen schwachen Herrscher und gaben somit Malcolm Rückendeckung. Malcolms Bruder William, genannt "The Lion" (1165-1214), begann 1174 in England einzufallen, um die verlorenen Gebiete zurückzuerobern. Das Unternehmen missglückte, William wurde gefangen genommen und in die Normandie gebracht.

Dort wurde er gezwungen, den Vertrag von Falaise zu unterzeichnen, der Schottland der englischen Lehnsherrschaft unterstellte und Northumbrien noch einmal als englischen Besitz bestätigte. Erst seinem Neffen Alexander II. (1214-1249) gelang es dann Anfang des 13. Jahrhunderts, die königliche Autorität innen- und außenpolitisch wieder herzustellen. 1217 erkannte er seinem Schwager, dem englischen König Henry III. gegenüber die Linie zwischen Tweed und Solway als schottische Südgrenze an - damit verlor er die reichen schottischen Besitztümer auf englischem Boden. Alexander II. war es aber auch, der erstmals gegen die seit mehreren Jahrhunderten auf den westlichen Inseln lebenden Wikinger vorging. Er starb während dieses Feldzugs auf der Insel Kerrera vor Oban. Sein Sohn Alexander III. schlug dann die Wikinger in der Schlacht bei Lairgs im Jahr 1263 endgültig. Während seiner verhältnismäßig langen Regierungszeit von Alexander III. begannen die Menschen sich endlich als ein Volk der Schotten zu sehen. Der Frieden ließ die Wirtschaft aufblühen, der Geldwert stieg und mit dem Wohlstand entwickelte sich in Schottland eine Art 'Goldenes Zeitalter'. Aus seiner ersten Ehe hatte Alexander zwei Söhne und eine Tochter. Als aber alle drei innerhalb weniger Jahre starben, heiratete er ein zweites Mal.

Doch bald schon erfüllte sich die Prophezeiung des Wahrsagers Thomas The Rhymer: Alexander stürzte 1286 bei Kinghorn in Fife von den Klippen und hinterließ außer seiner Enkelin Margarete, der Tochter des norwegischen Königs Eric, keine Erben. Margarete von Schottland, später bekannt als The Maid of Norway, wurde nach dem Tod ihres Großvaters als kleines Mädchen und letzte Überlebende aus der direkten Linie von Malcolm III. Canmore als erste schottische Königin anerkannt. Auf dem Weg zu ihrer Krönung vier Jahre später starb sie jedoch auf der stürmischen Überfahrt von Norwegen nach Schottland. Schottland hatte nun keinen Monarchen mehr, und so begann die Zeit des Ersten Interregnums, ein Ränkespiel um Thronfolge und Macht. Es gab mehrere Bewerber um den schottischen Thron, weltliche und kirchliche Fürsten konnten jedoch keine Einigung finden. So wurde der Schwager Alexanders III., der englische König Edward I., in diesem Thronfolgestreit zum Schiedsrichter gerufen. Zwischen den zwei engeren Thronbewerbern Robert Bruce, Großvater des späteren Robert I., und John Balliol entschied sich dieser für John Balliol, von dem er sich versprach, daß er sich vollkommen nach den englischen Interessen in Schottland richten würde. Als England vier Jahre später Krieg gegen Frankreich führte und Edward I. von den Schotten militärische Hilfe verlangte, verweigerte Balliol ihm die Unterstützung. Edward machte kurzen Prozess, marschierte in Schottland ein, schlachtete die Bevölkerung von Berwick-upon-Tweed ab und zwang John Balliol und den Adel und den hohen Klerus zur Kapitulation. Sie alle mußten Edward als Oberherrscher (overlord) von Schottland anerkennen. Schottland kam unter englisches Recht und englische Verwaltung.

Balliol wurde im Tower zu London eingekerkert und später nach Frankreich verbannt. Das war der Beginn des Zweiten Interregnums. Dieser Tiefpunkt in der schottischen Geschichte rief zum ersten Mal massiven Widerstand in Schottland hervor und provozierte die Bildung einer eigenen schottischen nationalen Identität. Schottland schloss mit Frankreich einen Vertrag zur gegenseitigen Unterstützung gegen den gemeinsamen Feind England: Die Auld Alliance, die für Schottland später noch mehrfach von großer und oft auch schicksalhafter Bedeutung sein sollte.

Die erste heroische Figur auf dem Weg zu schottischen Unabhängigkeit von England war kein Adliger: William Wallace. Wallace begann in den neunziger Jahren des 13. Jahrhunderts mit anderen, wie zum Beispiel dem Fürsten Andrew Moray, englische Einheiten zu überfallen. Hinzu kam, daß ein englischer Sheriff, so wird angenommen, Wallaces Frau umgebracht hatte, weil diese ihm zur Flucht vor englischen Soldaten verholfen hatte. Damit trat zu seinem Patriotismus noch ein starkes persönliches Motiv. Es war der Anfang einer offenen Rebellion gegen die fremden Machthaber.

Nach mehreren Überfällen und Scharmützeln gelang Wallace 1297 zusammen mit Moray bei Stirling sogar ein spektakulärer militärischer Erfolg. Dort an der Brücke über den Forth vernichtete er die mit etwa 10.000 Rittern doppelt überlegene und gefürchtete Streitmacht Edwards I. Der nichtadlige Wallace wurde von den Schotten geehrt und zum "Guardian of Scotland" ernannt. Später jedoch fehlte es ihm an weiterer Unterstützung durch den meist normannischen Adel. Zu oft hatten diese Adligen auch in England Besitztümer und wollten diese nicht durch Parteinahme für Wallace gefährden. So wurden die aufständischen Schotten 1298 - nur ein Jahr nach Stirling Bridge - in der Schlacht von Falkirk von Edward geschlagen. Wegen dieser und anderer schwerer Niederlagen, die dieser König den Schotten beibrachte, ist Edward I. unter dem Beinamen "Der Hammer der Schotten" in die Landesgeschichte eingegangen. Nach Falkirk konnte William Wallace zwar fliehen, doch sieben Jahre später wurde er von einem Landsmann verraten, gefangen genommen und nach einem öffentlichen Verfahren am 23. August 1305 in London auf grausamste Weise hingerichtet. Wallace wurde im Bewusstsein der Schotten zum Märtyrer und zum ersten schottischen Nationalhelden. Erst Robert I., später bekannt als Robert the Bruce und ein Zeitgenosse Wallaces, konnte das schottische Machtvakuum füllen. Er wurde dessen Nachfolger in der Führung und im Kampf um die schottische Unabhängigkeit. Robert ließ sich am 25. März 1306 in Scone zum König der Schotten krönen. Wegen des Mordes an seinem Vetter und seiner ehemaligen Loyalität zu Eduard I. misstraute ihm der schottische Adel und verweigerte ihm die Unterstützung, so daß Robert ein macht- und landloser König war.

Er wurde mehrfach von Eduard geschlagen und mußte schlussendlich sogar nach Irland fliehen. Ab 1307 begann er sein Reich zurückzuerobern. In kleinen Scharmützeln griff er die Engländer wieder und wieder an. Seine Guerillataktik war erfolgreich und brachte ihm mit der Zeit den Respekt und die Unterstützung der schottischen Adligen ein. Sein Erzfeind Eduard I. starb im selben Jahr. Am 23. und 24. Juni 1314 feierte Robert The Bruce seinen größten militärischen Erfolg: In der Auseinandersetzung um Stirling Castle, der letzten von Engländern gehaltenen Burg in Schottland, wurde sieben Jahre später das riesige englische Heer in der historischen Schlacht an dem kleinen Bach Bannockburn von den Schotten so gut wie vollständig aufgerieben. Rund 8.000 Schotten unter der Führung von Robert The Bruce besiegten die etwa 24.000 Engländer unter Edward II. Der unerwartete Sieg über Edward II. garantierte die vollständige Akzeptanz von Robert I. als König im eigenen Land. Nach dem Trauma der Unabhängigkeitskriege machten die Freien und Mächtigen des Reichs 1320 ihrem König allerdings klar, daß er nicht vollkommen willkürlich handeln konnte: In der Deklaration von Arbroath erklärten sie, daß sie ihn nur solange unterstützen würden, wie er die Rechte der Nation zu wahren bereit war.

Als erste ihrer Art überhaupt im mittelalterlichen Europa ist diese nachdrückliche Willenserklärung ein bewegendes Dokument und die Antwort einer unterdrückten Nation auf die Politik viel stärkerer Mächte, die ihre Freiheit beschränken wollten, sowie erst recht ein beredter Ausdruck schottischen Bewusstseins für eine eigene nationale Identität. Schottland hebt sich damit unter den anderen europäischen Nationen, in deren Selbstverständnis das Gottesgnadentum der Krone grundlegend war, singulär hervor. Zwar hielt der Krieg zwischen England und Schottland noch an, doch wurde 1328 - 14 Jahre nach Bannockburn - die Unabhängigkeit Schottlands durch den englischen König Edward III. im so genannten Abkommen von Edinburgh und Northampton anerkannt. Robert The Bruce starb 1329. Sein Sohn König David II. wurde erst 5jährig zum König Schottlands ausgerufen. Die Engländer konnten aber immer noch nicht die schmähliche Niederlage bei Bannockburn vergessen.

Sie witterten jetzt Morgenluft und ermutigten Edward Balliol, Sohn des glücklosen John Balliol, als Gegenkönig nach der schottischen Krone zu greifen. Der junge David II. mußte ins verbündete Frankreich fliehen. Edward Balliol wurde aber von königstreuen, schottischen Fürsten verjagt, und damit war der Weg für David wieder frei. Erwachsen und gereift zurückgekehrt, fiel David dann 1346 unter anderem mit französischen Truppen in England ein und geriet dabei in Gefangenschaft. Robert Stewart - durch seine Mutter Marjorie Bruce ein Enkel von Robert I. - war der Neffe von David II. Sein Vater hatte das Amt seiner Vorväter - Lord High Steward of Scotland - in seinen Namen übernommen (der Lord High Steward ist auch heute noch einer der höchsten Repräsentanten der Krone).

Für die Zeit, während David in England gefangen gehalten wurde, übernahm Robert die Regierungsgeschäfte in seinem Namen. Durch die Zahlung eines astronomisch hohen Lösegelds an England ermöglichte er ihm die Rückkehr auf den Thron. Ganz Schottland litt danach unter einer enormen Steuerlast. Als David II. 1371 kinderlos starb, hinterließ er seinem Nachfolger Robert II. ein von Abgaben, Hungersnöten und Pestepidemien geschwächtes Schottland.

Mit Robert II. betrat 1371 zum ersten Mal ein Mitglied des Hauses Stewart die politische Bühne. Er begann die Königsdynastie, die über 350 Jahr lang auf dem schottischen und später auch auf dem englischen Thron saß. Die Stewarts, steuerten das Land im Mittelalter durch schwierigstes Fahrwasser. Fast alle von ihnen kamen schon als Kind oder gar als Säugling auf den Thron, doch nur wenige starben eines natürlichen Todes. Robert II. war bei seiner Thronbesteigung bereits 55 Jahre alt und konnte für sein Land nicht mehr viel bewirken. Er galt als schwacher König. Auch seinem Sohn John, der als Robert III. den Thron 1390 bestieg, waren keine großen politischen Erfolge beschieden. Da Robert III. durch einen Unfall teilweise gelähmt war, wurden die Regierungsgeschäfte von seinem Bruder, dem ersten Herzog von Albany, wahrgenommen. Dieser hat später wahrscheinlich sogar seinen eigenen Neffen - den ältesten Sohn von Robert und Thronfolger - umgebracht, nur um für sich die Macht zu erhalten.

In dieser schwierigen Zeit wurde 1414 in St. Andrews die erste Universität Schottlands gegründet. Roberts Sohn James I. wurde 1406 zwar der rechtmäßige König von Schottland, weilte zu dem Zeitpunkt jedoch in Gefangenschaft am Hof des englischen Königs Henry IV. Erst 1424 kehrte er nach Schottland zurück. James gelang es während seiner Regierungszeit, die rivalisierenden Hochlandclans und die einflussreichen Lords of the Isles in Schach zu halten, sowie die Auld Alliance mit Frankreich zu erneuern. 1437 wurde er ermordet. Als James II. kam sein Sohn 1437 mit sieben Jahren auf den Thron. Die Rosenkriege, die in dieser Zeit in England als Thronfolgekriege zwischen den Fürstenhäusern York und Lancaster tobten, schwächten den südlichen Nachbarn. Das begünstigte den Frieden im schottischen Reich und gewährte der Wirtschaft eine kleine Atempause zum Aufschwung. In seiner Regierungszeit wurde 1451 - nach St. Andrews - die zweite Universität in Glasgow gegründet. Damit gab es in Schottland genauso viele höhere Bildungsanstalten wie in England mit Oxford und Cambridge.

James II. starb 1460 auf dem Höhepunkt seiner Macht. Sein Sohn, James III. heiratete 1486 Margaret von Dänemark und konnte auf diese Weise die Orkneys und Shetlands wieder ins Schottische Königreich eingliedern. James III. Regierungszeit zeichnete sich durch innenpolitische Kämpfe gegen den Schottischen Adel aus. Nach der Schlacht von Sauchieburn wurde er am 11. Juni 1488 von einem falschen Priester ermordet. Der Sohn des unbeliebten James III. kam im Alter von 16 Jahren als James IV. auf den Thron.

Unter seiner Regentschaft erholte sich das Land im 15. und beginnenden 16. Jahrhundert wirtschaftlich und kulturell. Außenpolitisch war James IV. weniger erfolgreich: Aus politischen Gründen heiratete er Margaret Tudor, die Schwester Henrys VIII.. Aufgrund der alten Allianz mit Frankreich (Auld Alliance) wandte er sich jedoch gegen Henry VIII. und wurde in der Schlacht von Flodden von diesem geschlagen und getötet. Sein Sohn war 1512 in Linlithgow geboren worden und erst 17 Monate alt, als er seinem Vater als James V. im Jahr 1513 auf den Thron folgte. Schottland war immer schon ein kleines und armes Land am Rand der diplomatischen Bühne Europas gewesen. Doch obwohl das Land nur eine Satellitenrolle spielen konnte, war es im damaligen Europa eine ausschlaggebende Frage, in wessen politischen Einflussbereich - Englands, Frankreichs oder Spaniens - Schottland gehörte. In den Augen Frankreichs und Spaniens war Schottland eine Basis, von der aus man den Erzfeind England hinterrücks angreifen konnte (bestes Beispiel für einen solchen Angriff ist Flodden). England wiederum betrachtete Schottland als einen "Sicherheitsriegel". Seit Beginn der Reformation gab es neben dem politischen auch noch ein kirchliches Element in diesen internationalen Beziehungen. Große Teile des heutigen Deutschland und Skandinaviens hatten sich bis Mitte der 1530er Jahre von der römisch-katholischen Kirche losgesagt. Weil der Papst die Scheidung von seiner Frau Katharina von Aragon nicht akzeptierte, löste sich 1534 dann auch der englische König Henry VIII. von Rom.

So zielten verständliche Überlegungen in Rom auf die Frage ab, ob und wie Schottland noch unter den päpstlichen Einfluss gebracht werden konnte. Damit würde das Land im Norden Britanniens ein wichtiger Stützpunkt für die Gegenreformation unter der Führung Spaniens oder Frankreichs sein, denn von dort aus konnte England vielleicht für Rom zurückerobert werden. Andererseits war England bestrebt, gemeinsam mit Schottland ein protestantisches Groß-Britannien als Gegengewicht zu den römisch-katholischen Mächten des Kontinents zu bilden. Henry VIII. bot deshalb dem jungen James V. seine Tochter Mary (später Mary "die Katholische" oder "Bloody Mary") zur Frau an. Das hätte - wenn James angenommen hätte - den Verlauf der Geschichte zwischen England und Schottland wohl einschneidend verändert, doch er lehnte ab. James wies darüber hinaus die weiteren englischen Vorschläge zurück und entschloss sich stattdessen, Schottland in das französisch päpstliche Lager zu bringen. Neben seiner Suche nach einer reichen Mitgift, war das einer der Gründe für seine Ehen mit zwei Französinnen. Im Januar 1537 heiratete er Madeleine, Tochter des französischen Königs François I., die jedoch im Juli desselben Jahres starb.

Kurz darauf nahm James in zweiter Ehe Marie de Guise zur Frau. Am 24. November 1542 kam es im Südwesten des Landes zur Schlacht auf Solway Moss gegen seinen Onkel Henry VIII, bei der die schottischen Streitmächte vernichtend geschlagen wurden. Nur wenige Tage nach der Schlacht starb James V. und sein einziges legitimes Kind, die gerade mal sechs Tage alte Mary wurde seine Nachfolgerin.

Bereits kurz nach ihrer Geburt wurde die kleine Maria Stuart von ihrem Regenten Arran dem jungen englischen Prinzen Edward versprochen. Das Versprechen wurde vom Schottischen Parlament für ungültig erklärt, was zu einem neuen Krieg mit England und 1547 die katastrophale Niederlage der schottischen Armee bei Pinkie in der Nähe von Edinburgh führte.

Währenddessen wurde das Kind Mary versteckt und am 7. August 1548 schließlich ins verbündete Frankreich in Sicherheit gebracht. Der darüber geschlossene Vertrag sah vor, daß sie den ältesten Sohn des französischen Königs Henri II. und seiner Frau Katharina von Medici heiraten sollte. Am 24. April 1558 heiratete die gebildete junge Frau wie vereinbart den französischen Kronprinzen François. Sie wurde dann dazu bewegt, ein heimliches Abkommen zu unterzeichnen, in dem sie versicherte, ihr schottisches Königreich sowie ihren Anspruch auf den englischen Thron an Frankreich abzutreten, sollte sie kinderlos sterben. 1559 starb König Henri II. und Marys Mann wurde als François II. inthronisiert. Bereits ein Jahr später starb der junge König infolge einer Erkrankung.

Nun war Maria Stuart in Frankreich unerwünscht und wurde in Schottland dringend gebraucht. So verließ sie Frankreich und erreichte am 14. August 1561 Edinburgh. Vorerst ließ Mary die Regierungsgeschäfte einfach weiterlaufen. Sie bestand jedoch darauf, ihre eigene, katholische Religion weiter auszuüben, was das Misstrauen von John Knox und anderen Reformatoren hervorrief. Unter der Führung ihres Beraters und Halbbruders James Stewart, Graf von Moray bereiste sie den Norden Schottlands, um die Opposition gegen sie im Keim zu ersticken. Mary wurden die Könige von Schweden, Dänemark und Frankreich, der Erzherzog Karl von Österreich, Don Carlos von Spanien, die Herzöge von Ferrara, Namur und Anjou, der Earl of Arran und der Earl of Leicester als potentielle Ehemänner vorgeschlagen. Schließlich aber verliebte sie sich 1565 sehr plötzlich in ihren Cousin Henry Stewart, Lord Darnley, den Sohn des Grafen Lennox. Die Beiden wurden am 19. Juli 1565 in Holyrood getraut. Die Eheschließung führte zu einer kurzen, schnell niedergeschlagenen Rebellion unter der Führung von Moray und den Hamiltons. Trotz anfänglicher Bedenken ließ Maria ihren Ehemann Darnley nicht nach der Krone greifen. Nach Morays Aufstand wurde ihr Sekretär David Riccio zu ihrem Hauptberater. Riccio war anfänglich mit Darnley sogar befreundet, doch änderte sich das rasch, als Darnleys Wünsche nicht erfüllt wurden. Darnley sah in Ricci das größte Hindernis auf seinem Weg zum Thron und schmiedete gemeinsam mit den schottischen Grafen Moray, Ruthven, Morton und anderen Protestanten ein Komplott.

Am Abend des 9. März 1566 drangen sie gemeinsam in das Esszimmer der Königin im Palast von Holyroodhouse ein und erstachen Riccio im Vorzimmer. Am 19. Juni 1566 wurde Maria Stuarts Sohn James in Edinburgh Castle geboren. Zum Zeitpunkt seiner Taufe am 17. Dezember 1566 wurde die Scheidung zwischen Mary und Darnley öffentlich diskutiert. Kurz darauf erkrankte Darnley an den Pocken. In der Nacht zum 10. Februar 1567 flog das Haus, in dem dieser während seiner Erkrankung untergebracht war, durch eine Schießpulverexplosion in die Luft. Der Hauptdrahtzieher dieses Ränkespiels war sehr wahrscheinlich der ihr sehr ergebene Fürst James Hepburn, Graf Bothwell. Er wurde zwar des Mordes angeklagt, jedoch wieder freigesprochen. Gerade einmal zwölf Tage später fing derselbe Bothwell die Königin auf ihrem Weg von Stirling, nach Edinburgh ab und entführte sie auf seine Burg nach Dunbar.

Am 3. Mai, also nur wenige Tage später, ließ sich Bothwell von seiner Frau scheiden. Am 12. Mai vergab Mary ihrem Entführer öffentlich, indem sie ihn zum Herzog von Orkney erhob. Wiederum drei Tage später, und gerade einmal drei Monate nach der Ermordung ihres Mannes, heiratete Mary diesen Mann. Wegen dieser Heirat forderten ihre zuvor treu ergebenen Adligen ihre Abdankung. Als sich auch ihr eigenes Heer gegen sie wandte, mußte sich Mary am 15. Juni 1567 ergeben. Sie wurde von ihren eigenen Fürsten auf einer Insel im Loch Leven gefangen gesetzt. Am 24. Juli unterzeichnete sie ihre Abdankung zugunsten ihres Sohnes, der fortan als König James VI. regierte. Noch bis 1573 bekämpften sich in Schottland die ihr noch immer ergebenen Fürsten und diejenigen, die auf der Seite ihres Sohnes standen. Erst nach dem Fall von Edinburgh Castle war ein Ende des Bürgerkriegs abzusehen.

Am 2. Mai 1568 gelang es Mary, von Loch Leven zu entkommen. Erneut führte sie eine Armee von 6000 Getreuen an, wurde jedoch am 13. Mai bei Langside, in der Nähe von Glasgow, vernichtend geschlagen. Mary flüchtete nach Carlisle, wo sie ihre Cousine, Königin Elisabeth von England, um Unterstützung bitten wollte. Elizabeth Tudor fühlte sich jedoch von Maria Stuart bedroht. Als Tochter Henrys VIII. war sie protestantisch und wurde von vielen englischen Katholiken nicht unterstützt - diese betrachteten Mary Stuart, die katholische Urenkelin Henry VII. als legitime Thronfolgerin.

Deshalb wurde Mary in den 19 Jahren nach ihrer Flucht von Getreuen Vasallen Elisabeths in den englischen Burgen in Carlisle, Bolton, Chatsworth, Sheffield, Buxton, Chartley und schließlich Fotheringhay eingesperrt. Die angespannte Lage führte zu mehreren Verschwörungen; schließlich wurde der so genannte Babington Plot, der unter anderem die Ermordung von Elisabeth und die Befreiung Marys plante, aufgedeckt und Mary wurde der Mitwisserschaft beschuldigt. Ihr wurde im September 1586 in England der Hochverratsprozess gemacht und das erwartete Todesurteil wurde am 25. Oktober ausgesprochen. Am 1. Februar 1587 unterzeichnete Elisabeth I. die Hinrichtungsurkunde und am 8. Februar 1587 wurde Maria Stuart, Queen of the Scots, geköpft.